El Glorioso Colegio Nacional de Ciencias y Artes del Cusco fue fundado por Simón Bolívar por Decreto de 8 de julio de 1825 sobre la base del antiguo Colegio de San Bernardo erigido para los hijos de los conquistadores y el Colegio San Francisco de Borja, cuyo objetivo fue enseñar las primeras letras a los hijos de los caciques. Se le dio como local el de los jesuitas y como rentas las que pertenecieron a los Bethlemitas, a los colegios refundidos, a la Caja de Censos y a las temporalidades del departamento.
Desde 1972 el inmueble forma parte de la Zona Monumental del Cusco declarada como Monumento Histórico del Perú5. Asimismo, en 1983 al ser parte del casco histórico de la ciudad del Cusco, forma parte de la zona central declarada por la UNESCO como Patrimonio Cultural de la Humanidad.
Ha sido reconocido por el Congreso del Perú como el Colegio más antiguo del Perú
Los antecedentes del Colegio de Ciencias y Artes del Cusco están en la fundación del Colegio San Bernardo el 1 de junio de 1619 por parte de los padres jesuitas que llegaron a la ciudad imperial. Posteriormente, Simón Bolivar, en su paso por el Cusco dispuso la creación del Colegio mediante la fusión del mencionado colegio de San Bernardo y el Colegio de San Francisco de Borja.
En la idea de Simón Bolívar, el Colegio de Ciencias y Artes debía concentrar todos los ramos de la enseñanza por lo que su fundación implicó la extinción de la universidad San Antonio Abad que pasó a formar parte del mencionado colegio, secularizándose y pasó a denominarse «Universidad de San Simón» y fue inaugurada el 26 de julio de 1826 bajo el rectorado de José Feijoó8. El primer rector del Colegio fue Miguel de Orosco (1825-1826). El colegio se instaló en el edificio de la Compañía de Jesús se efectuó el 28 de octubre de 1826. En el plan de estudios llegaron a figurar cátedras de Derecho Natural de Gentes y Canónico, Teología, Matemáticas y Medicina. Notable fue la ayuda q
ue prestó a los estudios de matemáticas el mariscal Gamarra, inicialmente como prefecto y gestor del establecimiento del Colegio y luego, como presidente al visitar Cusco en 1830.
Luego de la salida de Bolívar del Perú y la guerra que él mismo impulsó contra el Perú como presidente de la Gran Colombia, el Congreso del Perú expidió una ley del 10 de julio de 1828 restituyendo la Universidad de San Antonio Abad al Seminario de San Antonio Abad con carácter de universidad pública. El Colegio consideró esto un despojo.
Durante la Confederación Perú-Boliviana quedó reducido el plantel a la enseñanza de artes y oficios. Tumultos populares en 1839 ocasionaron la pérdida de los talleres y archivos. Por orden suprema del 27 de agosto de 1841 se dispuso el traslado del Colegio al local de San Buenaventura. Se reabrió en ese lugar el 10 de septiembre de 1842 en los terrenos que fueron donados por la Orden franciscana en Cusco y que se ocupan hasta la actualidad10. Notable fue la labor que efectuó el director, Francisco Pacheco, en los periodos de 1831-1834 y 1842-1845.
